The PAM250 scoring matrix
| A | R | N | D | C | Q | E | G | H | I | L | K | M | F | P | S | T | W | Y | V | |
| A | 2 | |||||||||||||||||||
| R | -2 | 6 | ||||||||||||||||||
| N | 0 | 0 | 2 | |||||||||||||||||
| D | 0 | -1 | 2 | 4 | ||||||||||||||||
| C | -2 | -4 | -4 | -5 | 4 | |||||||||||||||
| Q | 0 | 1 | 1 | 2 | -5 | 4 | ||||||||||||||
| E | 0 | -1 | 1 | 3 | -5 | 2 | 4 | |||||||||||||
| G | 1 | -3 | 0 | 1 | -3 | -1 | 0 | 5 | ||||||||||||
| H | -1 | 2 | 2 | 1 | -3 | 3 | 1 | -2 | 6 | |||||||||||
| I | -1 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -3 | -2 | 5 | ||||||||||
| L | -2 | -3 | -3 | -4 | -6 | -2 | -3 | -4 | -2 | 2 | 6 | |||||||||
| K | -1 | 3 | 1 | 0 | -5 | 1 | 0 | -2 | 0 | -2 | -3 | 5 | ||||||||
| M | -1 | 0 | -2 | -3 | -5 | -1 | -2 | -3 | -2 | 2 | 4 | 0 | 6 | |||||||
| F | -4 | -4 | -4 | -6 | -4 | -5 | -5 | -5 | -2 | 1 | 2 | -5 | 0 | 9 | ||||||
| P | 1 | 0 | -1 | -1 | -3 | 0 | -1 | -1 | 0 | -2 | -3 | -1 | -2 | -5 | 6 | |||||
| S | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | -1 | 0 | 1 | -1 | -1 | -3 | 0 | -2 | -3 | 1 | 3 | ||||
| T | 1 | -1 | 0 | 0 | -2 | -1 | 0 | 0 | -1 | 0 | -2 | 0 | -1 | -2 | 0 | 1 | 3 | |||
| W | -6 | 2 | -4 | -7 | -8 | -5 | -7 | -7 | -3 | -5 | -2 | -3 | -4 | 0 | -6 | -2 | -5 | 17 | ||
| Y | -3 | -4 | -2 | -4 | 0 | -4 | -4 | -5 | 0 | -1 | -1 | -4 | -2 | 7 | -5 | -3 | -3 | 0 | 10 | |
| V | 0 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -1 | -2 | 4 | 2 | -2 | 2 | -1 | -1 | -1 | 0 | -6 | -2 | 4 |
W. A Pearson, Rapid and Sensitive Sequence Comparison with FASTP and FASTA, in
Methods in Enzymology, ed. R. Doolittle (ISBN 0-12-182084-X, Academic Press, San Diego) 183(1990)63-98.