T-COFFEE, Version_8.29(Wed Feb 24 20:33:06 WEST 2010)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=85
*
 BAD AVG GOOD
*
gpd1yeast   :  86
gpdadrome   :  85
gpdhuman    :  88
gpdamouse   :  88
gpdarabit   :  88
gpdacaeel   :  86
gpdleish    :  84
gpdtrybb    :  83
gpdaecoli   :  85
gpdahaein   :  85
gpdabacsu   :  86
gpdpseu     :  81
cons        :  85

gpd1yeast   MSAAADRLNLTSGHLNAGRKRSSSSVSLKAAEKPFKVTV
gpdadrome   MADK------------------------------VNVCI
gpdhuman    MASK-------------------------------KVCI
gpdamouse   A-GK-------------------------------KVCI
gpdarabit   A-GK-------------------------------KVCI
gpdacaeel   MSPK-------------------------------KVTI
gpdleish    MSTKQHSAKDEL-------------------LYLNKAVV
gpdtrybb    MVSGVT--------------------------YLKRGAV
gpdaecoli   MNQR-----------------------------NASMTV
gpdahaein   MITS-----------------------------QTPITV
gpdabacsu   MKK---------------------------------VTM
gpdpseu     MTS---------------------------------C--

cons                                               


gpd1yeast   IGSGNWGTTIAKVVAENCKGYPEVFAPIVQMWVFEEEIN
gpdadrome   VGSGNWGSAIAKIVGANAAALP-EFEERVTMFVYEELID
gpdhuman    VGSGNWGSAIAKIVGGNAAQLA-QFDPRVTMWVFEEDIG
gpdamouse   VGSGNWGSAIAKIVGSNAGRLA-HFDPRVTMWVFEEDIG
gpdarabit   VGSGDWGSAIAKIVGGNAAQLA-QFDPRVTMWVFEEDIG
gpdacaeel   IGSGNWGSAIARIVGSTTKSFPDEFDPTVRMWVFEEIVN
gpdleish    FGSGAFGTALAMVLSKKCRE--------VCVWHMNE---
gpdtrybb    FGSGAFGTALACVLAKKCES--------VSVWHMNA---
gpdaecoli   IGAGSYGTALAITLARNGHE--------VVLWGHDP---
gpdahaein   LGAGSYGTALAITFSRNGSP--------THLWGHNP---
gpdabacsu   LGAGSWGTALALVLTDNGNE--------VCVWAHRA---
gpdpseu     ------CGAVAK---------------------------

cons                ::*                            


gpd1yeast   GEKLTEIINTRHQNVKYLPGITLPDNLVANPDLIDSV--
gpdadrome   GKKLTEIINETHENVKYLKGHKLPPNV-AVPDLVEAA--
gpdhuman    GKKLTEIINTQHENVKYLPGHKLPPNVVAVPDVVQAA--
gpdamouse   GRKLTEIINTQHENVKYLPGHKLPPNVVAIPDVVQAA--
gpdarabit   GKKLTEIINTHQENVKYLPGHKLPPNVVAVPDVVKAA--
gpdacaeel   GEKLSEVINNRHENIKYLPGKVLPNNVVAVTDLVESC--
gpdleish    --EEVRLVNEKRENVLFLKGVQLASNITFTSDVEKAY--
gpdtrybb    --NEARVVNQKHENVYFLPGAPLPANLTFTADAEECA--
gpdaecoli   --EHIATLERDRCNAAFLPDVPFPDTLHLESDLATAL--
gpdahaein   --AHIAQMQTERQNYRFLPDVIFPEDLHLESNLAQAM--
gpdabacsu   --DLIHQINELHENKDYLPNVKLSTSIKGTTDMKEAV--
gpdpseu     --TRWRNVPDPCENTAYLPGHPLPAALKATADFSLALDH

cons               :     *  :* .  :.  :   .:   .   


gpd1yeast   --KDVDIIVFNIPHQFLPRICSQLKGHVDSH-----VRA
gpdadrome   --KNADILIFVVPHQFIPNFCKQLLGKIKPN-----AIA
gpdhuman    --EDADILIFVVPHQFIGKICDQLKGHLKAN-----PTG
gpdamouse   --TGADILVFVVPHQFIGKICDQLKGHLKAN-----TIG
gpdarabit   --ADADILIFVVPHQFIGKICDEIKGHLKAN-----AIG
gpdacaeel   --EGSNVLVFVVPHQFVKGICEKLVGKIPAD-----TQA
gpdleish    --NGAEIILFVIPTQFLRGFFEKSGGNLIAYAKEKQVPV
gpdtrybb    --KGAEIVLFVIPTQFLRGFLQKNSHILRNHVVSRNVPV
gpdaecoli   --AASRNILVVVPSHVFGEVLRQIKPLMRPD-----ARL
gpdahaein   --EYSQDILIVVPSHAFGEILIKIKPHLKAH-----HRL
gpdabacsu   --SDADVIIVAVPTKAIREVLRQAVPFITKK-----AVF
gpdpseu     VAQGDGLLIAATSVAGLRPLAQQLQGKAIP-------NL

cons               ::   .   .  .  :                


gpd1yeast   ISCLKGFEVGA-KGVQLLSSYITEELG----IQCGALSG
gpdadrome   ISLIKGFDKAEGGGIDLISHIIT---R----IPCAVLMG
gpdhuman    ISLIKGVDEGP-NGLKLISEVIGERLG----IPMSVLMG
gpdamouse   ISLIKGVDEGP-NGLKLISEVIGERLG----IPMSVLMG
gpdarabit   ISLIKGVNEGP-KGLKLISEVIGEHLG----IPMSVLMG
gpdacaeel   ISLIKGVSTEKRGGLKLISEEIKEILK----IEVSVLMG
gpdleish    LVCTKGIERS---TLKFPAEIIGEFLPS---PLLSVLAG
gpdtrybb    VMCSKGIERS---SLLFPAQILEEFLPN---YPIGVIAG
gpdaecoli   VWATKGLEAE---TGRLLQDVAREALGDQ--IPLAVISG
gpdahaein   IWATKGLERN---TGRLLQTVVEEQLGTQ--YPLAVLSG
gpdabacsu   VHVSKGIEPD---SLLRISEIMEIELPSDVRRDIVVLSG
gpdpseu     VWLCKGLEEG---SGLLPHQVVREVLGTQ--LPAGVLSG

cons        :   **..                           .: *


gpd1yeast   ANIATEVAQEHWSETTVAYHIPKDFRGEGKDVDHKVLKA
gpdadrome   ANLANEVAEGNFCETTIGCTDKKY---------GKVLRD
gpdhuman    ANIASEVADEKFCETTIGCKDPAQ---------GQLLKE
gpdamouse   ANIASEVAEEKFCETTIGCKDPAQ---------GQLLKD
gpdarabit   ANIASEVADEKFCETTIGCKDQAQ---------GQLLKQ
gpdacaeel   ANLAPEVANDNFCEATIGCKRKAE--------DGPLLKK
gpdleish    PSFAIEVATGVFTCVSIASADINV---------ARRLQR
gpdtrybb    PSFAIEVAKGMLTNVCTAAADINM---------ARKIQR
gpdaecoli   PTFAKELAAGLPTAISLASTDQTF---------ADDLQQ
gpdahaein   PTFAKELAQGLPSAITLAANNEQF---------AREFQS
gpdabacsu   PSHAEEVGLRHATTVTASSKSMRA---------AEEVQD
gpdpseu     PSFAQEVAQGLPCALVIAAEDAAL---------RELVVA

cons        .. * *:.         .                  .  


gpd1yeast   LFH-R-PYFHVSVIEDVAGISICGALKNVVALGCGFVEG
gpdadrome   LFQ-A-NHFRVVVVDDADAVEVCGALKNIVACGAGFVDG
gpdhuman    LMQ-T-PNFRITVVQEVDTVEICGALKNVVAVGAGFCDG
gpdamouse   LMQ-T-PNFRITVVQEVDTVEICGALKNIVAVGAGFCDG
gpdarabit   LMQ-T-PNFRIVVTQEVNTVEICGALKDLVAVGAGFCDG
gpdacaeel   LFH-T-DNFRINVVEDAHTVELCGALKNVVACAAGFTDG
gpdleish    IMSTGDRSFVCWATTDTVGCEVASAVKNVLAIGSGVANG
gpdtrybb    IMTTSDGSFRCWATTDVIGCEIASAMKNVLAIASGALKG
gpdaecoli   LLHCG-KSFRVYSNPDFIGVQLGGAVKNVIAIGAGMSDG
gpdahaein   RIHCS-KGFRVYINSDMTGVQLGGAIKNVIAIGAGISDG
gpdabacsu   LFI-N-HNFRVYTNPDIIGVEIGGALKNIIALAAGITDG
gpdpseu     AVH-G-PAIRVYSSDDVVGVEVGGAVKNILAIATGILDG

cons         .      :      :    .: .*:*:::* . *  .*


gpd1yeast   LGWGNNASAAIQRVGLGEIIRFGQMFFPESREETYYQES
gpdadrome   LKLGDNTKAAVIRLGLMEMIRFVDVFYPGS-KLSTFFES
gpdhuman    LGFGDNTKAAVIRLGLMEMIAFAKLFCSGPVSSATFLES
gpdamouse   LGFGDNTKAAVIRLGLMEMIAFAKLFCSGTVSSATFLES
gpdarabit   IGFGDNTKAAVIRLGLMEMIAFAKLFCSGPVSPATFLES
gpdacaeel   LGYGDNTKAAVIRLGLMETTKFVEHYYPGS-NLQTFFES
gpdleish    LGMGLNARAALIMRGLLEIRDLTAAL--GG-DGSAVFGL
gpdtrybb    LGTENNARAALISRGLLEIRDLTLAL--GG-TGEAVFGL
gpdaecoli   IGFGANARTALITRGLAEMSRLGAAL--GA-DPATFMGM
gpdahaein   MGFGANARTALITRGIAEITRLGISL--GA-NTNTFMGM
gpdabacsu   LGYGDNAKAALITRGLAEIARLGTKM--GG-NPLTFSGL
gpdpseu     MSLGLNARAALITRGLAEITRLGIAL--GA-RAETFMGL

cons        :    *: :*:   *: *   :                 


gpd1yeast   AGVADLITTCAGG--RNVKVARLMATSGKDAWECEKELL
gpdadrome   CGVADLITTY-------RRVSEAFVTSGKTIEELEKEML
gpdhuman    CGVADLITTCYGG--RNRKVAEAFARTGKSIEQLEKELL
gpdamouse   CGVADLITTCYGG--RNRKVAEAFARTGKSIEQLEKEML
gpdarabit   CGVADLITTCYGG--RNRKVAEAFARTGKSIEQLEKEML
gpdacaeel   CGIADLITTCYGG--RNRKVCEAFVKTGKSMAEVEKELL
gpdleish    AGLGDLQLTCSSELSRNFTVGKKL-GKGLPIEEIQRT--
gpdtrybb    PGLGDLLLTCSSELSRNFTVGMKL-GQGISLEEIKRT--
gpdaecoli   AGLGDLVLTCTDNQSRNRRFGMML-GQGMDVQSAQEK--
gpdahaein   SGLGDLVLTCTDNQSRNRRFGLML-GKGLDAQMAMEN--
gpdabacsu   TGVGDLIVTCTSVHSRNWRAGNLL-GKGYKLEDVLEE--
gpdpseu     AGVGDLILTCTGDLSRNRKVGLGL-AQGKPLETIVTE--

cons         *:.**  *              :   *           


gpd1yeast   NGQSAQGLITCKEVHEWLETCGSVEDFPLFEAVYQIVYN
gpdadrome   NGQKLQGPPTAEEVNYMLKNKGLEDKFPLFTAIHKICTN
gpdhuman    NGQKLQGPETARELYSILQHKGLVDKFPLFMAVYKVCYE
gpdamouse   NGQKLQGPQTARELHSILQHKGLVDKFPLFTAVYKVCYE
gpdarabit   NGQKLQGPETARELHSILQHKGLVDWFPLFMAVYKVCYQ
gpdacaeel   NGQSAQGPLTAEEVYLMMHKTGLDAKFPLFTAVHKICAG
gpdleish    SKAVAEGVATADPLMRLAKQLK--VKMPLCHQIYEIVYK
gpdtrybb    SKAVAEGVATAEPLERLAKKHN--ADLPICHEVYNVLYA
gpdaecoli   IGQVVEGYRNTKEVRELAHRFG--VEMPITEEIYQVLYC
gpdahaein   IGQVVEGFYNTKEAYLLAQRQG--VEMPITEQIYQMLFC
gpdabacsu   MGMVVEGVRTTKAAYQLSKKYD--VKMPITEALHQVLFN
gpdpseu     LGHVAEGVRCAAAVRNLAQQLQ--IEMPITNAVAGILFD

cons             :*           .       :*:   :  :   


gpd1yeast   NYPMKNLPDM-IEELDLHE----------------D
gpdadrome   QLKPNDLIDC-IRNHP-EHMD-T-----SIMPSPKL
gpdhuman    GQPVGEFIHC-LQNHP-EH----------------M
gpdamouse   GQPVGEFIRC-LQNHP-EH----------------M
gpdarabit   GQPVGEFIRC-LQNHP-EH----------------M
gpdacaeel   EMKPAELVDC-LRNHP-EH----------------M
gpdleish    KKNPRDALADLLSCGL-QDEGLPPLFKRSASTPSKL
gpdtrybb    NGCAKRSFKKLNSCKL-ADEGLP-----ALPRTSKM
gpdaecoli   GKNAREAALTLLGRAR-KDE------------RSSH
gpdahaein   GKSAQDVAISLLGRA-----------------CKGE
gpdabacsu   GQKVETAVESLMARGK-THEM-EDLV--NTFENQVK
gpdpseu     GHSPRATVEQLLARHP-RDES----------ISASP

cons